ilustrasi peta persebaran Musang Jepang (dok. Japanese-weasel.com)
Terlihat dari nama umumnya, musang Jepang merupakan salah satu hewan yang berasal dari Jepang. Dikutip dari Japanese-weasel.com, spesies musang ini secara historis berasal dari tiga dari empat pulau besar yang ada di Jepang, yaitu pulau Honshu, Kyushu dan Shikoku. Musang Jepang mulai diperkenalkan ke pulau-pulau Jepang lainnya pada abad ke-20. Hal ini dilakukan untuk mengendalikan perkembangbiakan dari hewan-hewan pengerat. Saat ini, hewan ini telah terdistribusi di pulau Hokkaido dan sebagian besar Kepulauan Ryukyu.
Musang Jepang dapat ditemukan di berbagai ekosistem yang ada di Jepang. Namun, musang ini lebih banyak ditemukan di daerah pegunungan dan hutan dekat perairan. Hewan ini berburu di sepanjang aliran sungai, tapi terkadang pergi ke daerah padang rumput ataupun daerah yang jarang dihuni manusia.