Seperti pada Q1 dan Q2, sesi kualifikasi ketiga (Q3) juga diwarnai insiden yang membuat bendera merah lagi-lagi dikibarkan. Kevin Magnussen membuat bendera merah muncul karena mobilnya melintir di tikungan 12 atau Acque Minerali. Beruntung, ia masih bisa melanjutkan sesi karena tak sampai menabrak dinding.
Sesi kembali berlanjut dan Verstappen berhasil mencatatkan waktu tercepat dengan 1 menit 27,999 detik. Tak berselang lama, bendera merah kembali berkibar lantaran Bottas memarkirkan mobilnya di luar trek tikungan 16 saat sesi tersisa 2 menit 58 detik.
Sesi kembali berlanjut dan pembalap masih punya sedikit kesempatan memperbaiki catatan waktunya. Namun, bendera merah pada Q3 kembali terjadi saat waktu tersisa 40 detik. Lando Norris yang menjadi penyebab keluarnya bendera merah karena melintir di tikungan Acque Minerali.
Alhasil, Verstappen pun berhak atas pole position pada GP Emilia Romagna untuk gelaran Sprint. Sementara itu, Charles Leclerc membuntuti di posisi kedua dan Lando Norris berada di posisi start ketiga.