Setelah menganggur selama setahun, Emmanuel Eboue mendapatkan penawaran kontrak dari sebuah klub asal kota Siprus, yakni Limmasol. Sayangnya, hal itu urung terwujud kala mengetahui ada hal aneh yang terjadi selama tes kesehatan di tim tersebut. Mantan pemain Arsenal itu diduga mengidap HIV. Berita itu lalu menyebar cepat dan menjadi headline di banyak media massa.
Tetapi, Eboue tidak mau mengambil pusing dan memilih untuk terbang ke Inggris agar melakukan pengecekan di tempat lain.
Pada tahun 2016 lalu, Eboue sempat bermain untuk klub asal Inggris, yakni Sunderland. Namun, kontraknya selesai dan tidak diperpanjang lagi. Kemudian ia harus menelan kekecewaan karena kariernya terpaksa harus rehat selama setahun terkait perseteruannya dengan agen sepakbola. Pesepakbola asal Pantai Gading itu dituduh tidak membayar gaji sebesar 1 juta euro dan terpaksa mendapatkan larangan bermain.
Di saat ia sudah siap kembali bermain, kenyataan pahit kembali menghampirinya. Kontrak yang disodorkan klub asal Siprus dengan terpaksa harus dibatalkan karena alasan kesehatan. Tim medis klub itu menyatakan jika ada keanehan dengan darah sang pemain yang menyebabkan ia bisa jadi terdiagnosis HIV. Untuk memastikan hal itu, ia terbang ke Inggris guna melakukan cek kesehatan lanjutan.
Nama Emmanuel Eboue sangat terkenal kala masih berkostum Arsenal. Ia didatangkan oleh Arsene Wenger pada tahun 2005 silam dari sebuah klub di Belgia. Semasa di klub asal London, ia memberikan sumbangsih satu gelar FA Cup. Walaupun ia akhirnya dijual karena tidak mampu lagi bersaing, Eboue tetap menaruh respek tinggi kepada tim tersebut, dan Arsene Wenger sebagai pelatih karena telah memberikannya segudang pengalaman.