Jokanovic sendiri pertama kali melatih pada tahun 2007 lalu di mana klub pertamanya, Partizan Belgrade, ditangani selama 2 tahun. Bersama Partizan, Jokanovic sukses meraih 2 gelar Liga Serbia serta 2 Piala Serbia.
Namun, setelahnya bukannya melanjut karier di Eropa justru mencari tantangan baru di Thailand dengan menangani klub Muangthong United. Lagi-lagi, debutnya melatih kembali meraih hasil yang mencengangkan dengan meraih gelar juara Liga Thailand musim 2012, tanpa mengalami kekalahan sama sekali.
Setelah dari Thailand, Jokanovic kembali ke Eropa dengan menangani klub Bulgaria, Levski Sofia. Sayang, nasibnya tak beruntung. Sehingga berujung dengan pemecatan. Begitu juga kala menangani klub Spanyol, Hercules, yang hanya bertahan selama 1 bulan saja saat itu pada tahun 2014.
Peningkatan karier kepelatihan Jokanovic sendiri bermula saat menangani Watford pada tahun 2015, dan kembali menorehkan prestasi dengan runner-up Liga Inggris kasta kedua, sekaligus promosi ke kasta tertinggi.
Hanya bertahan selama 1 musim, Jokanovic berpetualang ke Israel dengan melatih raksasa Israel, Maccabi Tel Aviv selama 6 bulan. Dan Fulham menjadi klub yang masih dilatihnya saat ini setelah mundur dari Maccabi Tel Aviv, dan kini berpeluang membawa Fulham promosi ke kasta tertinggi Liga Inggris musim depan.