Ilkay Guendogan merupakan motor serangan Borussia Dortmund sebelum bergabung dengan Manchester City pada musim panas 2016. Ia membantu Die Borussen masing-masing sekali menjuarai Bundesliga dan DFB Pokal. Ia juga membantu Dortmund lolos ke final Liga Champions 2012/2013.
Pemain yang berposisi sebagai gelandang tersebut langsung memberikan kontribusi pada laga debut di EPL menghadapi AFC Bournemouth. Guendogan sukses mencetak satu gol dalam pertandingan tersebut. Golnya membantu Manchester City menang dengan skor telak 4-0.
Debut apik tersebut merupakan awal dari kesuksesan Guendogan bersama Manchester City. Ia membantu Manchester City merajai sepak bola Inggris dengan meraih 5 gelar juara EPL, 2 Piala FA, dan 4 Piala Liga Inggris. Guendogan juga membawa Manchester City menjuarai Liga Champions 2022/2023 serta menjadi runner-up 2020/2021.
Guendogan hengkang ke Barcelona pada musim panas 2023 setelah kontraknya berakhir. Namun, ia hanya semusim membela Blaugrana sebelum kembali ke Manchester City. Pada musim panas 2025, Guendogan kembali meninggalkan Manchester City untuk membela Galatasaray.