Memasuki babak kedua, Persebaya Surabaya melakukan beberapa perubahan. Mereka memasukkan nama-nama seperti Supriadi, Frank Sokoy, dan Johan Yoga Utama. Perubahan ini dimaksudkan untuk menambah kekuatan lini serang tim.
Di sisi lain, Bali United juga melakukan banyak perubahan. Mereka memasukkan Fadil Sausu, Gavin Kwan Adsit, Sidik Saimima, dan Leonard Tupamahu. Namun, perubahan dari Persebaya-lah yang membuahkan hasil.
Pada menit 65, Persebaya mencetak gol kedua lewat torehan Bruno Moreira. Lanjut pada menit 74, Persebaya menggandakan keunggulan lewat Marselino Ferdinan. Skor 3-1 tercatat untuk keunggulan 'Bajul Ijo' di 15 menit akhir babak kedua.
Di sisa waktu babak kedua, Bali United terus berupaya memperkecil ketertinggalan. Namun, usaha mereka ini gagal. Skor 3-1 untuk keunggulan Persebaya tetap bertahan, membawa mereka pada kemenangan.