Selain probiotik, ada juga istilah prebiotik. Prebiotik ini umumnya merupakan karbohidrat yang tidak dicerna tubuh, tetapi dapat dicerna oleh mikroba yang menguntungkan dalam tubuh, sehingga meningkatkan kesehatan.
Prebiotik yang banyak dikenal dan digunakan adalah oligosakarida kedelai (yang terdiri atas rafinosa dan stakiosa), fruktooligosakarida (FOS), inulin, laktulosa, dan laktosukrosa.
Secara komersial, prebiotik seperti inulin, FOS, dan galaktooligosakarida (GOS) sering ditambahkan pada susu formula. Inulin dan oligofruktosa memiliki fungsi penting sebagai penyeimbang fungsi gastrointestinal (menyeimbangkan mikroflora kolon).
Secara alami, prebiotik juga terdapat pada biji-bijian, sayuran, buah-buahan, dan bumbu masak seperti bawang putih, bawang merah, daun prei. Produk olahan kedelai seperti susu kedelai, tempe, tahu, dan taoco juga kaya akan prebiotik.
Jadi, secara sederhana bisa dikatakan bahwa prebiotik merupakan sumber makanan bagi probiotik.