Kisah Shadow berawal dari Project Shadow. (dok. Paramount Pictures/Sonic the Hedgehog 2)
Pada saat itu, Gerald Robotnik menerima permintaan dari United Federations (setara Amerika Serikat) untuk mengerjakan Project Shadow. Ia menganggap proyek ini sebagai peluang menyelamatkan Maria, sang cucu tercinta. Sementara pihak United Federations melihat proyek ini sebagai proyek pengembangan senjata perang massal.
Saat Project Shadow berjalan, Black Doom bersama pasukannya, Black Arms, tiba ke Bumi untuk mengambil sumber daya planet ini. Di tengah keputusasaan karena tekanan United Federations, Gerald menjalin kerja sama dengan Black Doom. Black Doom akan memberikan pengetahuan dan DNA-nya untuk membantu Gerald melanjutkan Project Shadow. Sebagai gantinya, Gerald harus menyerahkan Chaos Emeralds saat kedatangannya 50 tahun kemudian.
Gerald berhasil menciptakan makhluk pertama Project Shadow yang disebut Ultimate Life Form pertama, yaitu Biolizard. Sayangnya, ia dianggap sebagai kegagalan Project Shadow karena kebuasannya sehingga Biolizard dipenjara di inti ARK. Shadow berhasil tercipta dengan mewarisi kecerdasan dan keterampilan Black Doom. Tanpa sepengetahuan musuhnya, Gerald menambahkan “hati” dan jiwa” agar ciptaannya memiliki kompas moral yang baik. Dari sinilah, kisah Shadow dimulai.