Hubungan Kim Ji Eun (Arin) dan Park Yoon Jae (Yoon San Ha) di My Girlfriend is the Man mengalami banyak rintangan sejak awal. Perubahan fisik Ji Eun menjadi pria menguji kekuatan cinta dan kepercayaan di antara mereka. Meski sempat berpisah, keduanya tetap saling menyayangi dalam diam.
Setelah menjalani proses penyembuhan dan tumbuh sebagai pribadi yang lebih dewasa, Ji Eun dan Yoon Jae akhirnya kembali bersama. Mereka tidak lagi bertumpu pada emosi sesaat, tapi pada pengertian dan penerimaan. Inilah yang membuat hubungan mereka bisa berlayar di akhir cerita drakor My Girlfriend is the Man.