Drakor Moon River membahas perjuangan Putra Mahkota Lee Gang (Kang Tae Oh) untuk mencari bukti insiden kematian ibunya dan Putri Mahkota Yeon Wol (Kim Se Jeong). Meskipun sudah tahu siapa dalangnya, Putra Mahkota harus bertindak hati-hati. Sebab, dalang tersebut yang tidak lain adalah Penasihat Negara Kiri Kim Han Chul (Jin Goo) memegang kendali atas dirinya dan Raja.
Dalam upaya untuk menemukan bukti, Lee Gang harus mundur ke insiden lain yang menjadi awal mula kekuasaan mutlak Kim Han Chul. Insiden yang dimaksud yaitu insiden pada tahun gyesa. Ia yakin untuk menyelidiki insiden pada tahun itu karena semuanya bermuara ke Kim Han Chul. Sebenarnya apa yang terjadi pada tahun gyesa dalam drakor Moon River?
