Berlatar tahun 1999, ketika ketakutan akan kiamat melanda masyarakat, cerita The WONDERfools mengikuti tentang kebangkitan tak terduga para pahlawan di Kota Haeseong. Eun Chae Ni (Park Eun Bin) adalah seorang wanita yang mendapati kehidupan biasanya berubah total ketika ia dan tetangganya, Son Gyeong Hun (Choi Dae Hoon) dan Kang Ro Bin (Im Sung Jae), terlibat dalam insiden misterius yang memberi mereka kekuatan super secara tiba-tiba.
Di sisi lain, ada seorang pegawai negeri sipil benama Lee Un Jeong (Cha Eun Woo) yang bekerja di layanan pengaduan, ternyata sudah memiliki kekuatan super sejak lama. Akhirnya sosok ini terlibat dengan Eun Chae Ni, Son Gyeong Hun dan Kang Ro Bin. Mereka pun bersatu melawan kelompok jahat yang mengancam Kota Haeseong. Nah, yang disebut ada empat, sebenarnya terdapat berapa karakter yang memiliki kekuatan super di drakor The WONDERfools?