Kasus utama yang dibahas dalam drakor Nine Puzzles adalah pembunuhan berantai teka-teki. Disebut demikian, karena pelaku meninggalkan potongan puzzle setelah membunuh korban-korbannya. Sebagian potongan puzzle ini ditemukan dan dikirimkan kepada Yoon Ena (Kim Da Mi).
Tim Satgas Kepolisian Hangang berusaha menangkap pelaku pembunuhan berantai teka-teki. Namun, hingga episode 9, pihak kepolisian masih gagal menangkapnya. Lantas, apa alasan pembunuh berantai satu ini sulit ditangkap?