Nine Puzzles membahas berbagai kasus pembunuhan. Namun, kasus utama di drakor ini adalah pembunuhan berantai, di mana pelaku hanya meninggalkan potongan puzzle untuk dipecahkan. Yoon Ena (Kim Da Mi) dan Kim Han Saem (Son Suk Ku) pun bekerja sama menyelidiki kasus ini.
Sepanjang enam episode yang telah tayang, sudah ada beberapa petunjuk awal mengenai kasus pembunuhan berantai ini. Berikut ini tujuh di antaranya. Simak, yuk!