Nine Puzzles sukses menyajikan berbagai plot twist di tiap episodenya. Khususnya, di episode terakhir yang tayang pada Rabu (4/6/2025). Pelaku dari pembunuhan berantai teka-teki ternyata adalah Lee Seung Joo (Park Gyu Young).
Di adegan terakhir sebelum credit title, ada plot twist tak terduga. Yoon Ena (Kim Da Mi) dan Kim Han Saem (Son Suk Ku) menghadapi kasus pembunuhan baru di mana pelakunya juga meninggalkan potongan puzzle. Kasus ini masih jadi misteri. Namun, ada beberapa teori yang membahas kasus pembunuhan ini. Simak, yuk!