Saat memilih perguruan tinggi, calon mahasiswa perlu memahami bahwa setiap jalur masuk memiliki skema biaya yang berbeda. Pada jalur seleksi nasional seperti SNBP (Seleksi Nasional Berdasarkan Prestasi) dan SNBT (Seleksi Nasional Berdasarkan Tes) di perguruan tinggi negeri (PTN), biaya yang dikenakan umumnya mengikuti skema Uang Kuliah Tunggal (UKT).
UKT adalah sistem pembayaran di mana mahasiswa hanya membayar satu biaya per semester yang disesuaikan dengan kemampuan ekonomi keluarganya. Dengan demikian, mahasiswa yang lolos dari jalur ini sering mendapatkan biaya kuliah yang lebih terjangkau, bahkan ada yang mendapat UKT kategori 1 yang sangat murah.
Sebaliknya, pada jalur mandiri, biaya kuliah biasanya lebih tinggi karena terdapat komponen tambahan yang disebut Iuran Pengembangan Institusi (IPI) atau Sumbangan Pengembangan Institusi (SPI). Biaya ini bersifat satu kali di awal masuk kuliah dan jumlahnya bisa sangat bervariasi, tergantung kebijakan kampus dan program studi yang dipilih.
Beberapa universitas juga menerapkan UKT tetap tanpa adanya subsidi silang, sehingga mahasiswa jalur mandiri membayar biaya penuh tanpa penyesuaian berdasarkan ekonomi keluarga. Oleh karena itu, jalur mandiri sering dianggap lebih mahal dibandingkan jalur nasional, meskipun tetap ada pengecualian di beberapa perguruan tinggi tertentu.