Gereja Katolik Santa Theresia Balikpapan (IDN Times/Hilmansyah)
Dengan misi Jesuit tersebut, orang-orang Portugis ini melakukan banyak cara dalam menyebarkan ajaran Kristen Katolik. Mereka mengajak penduduk Maluku yang masih menganut paham animisme dan dinamisme. Selain itu, orang Portugis juga turut mengajak orang yang beragama Islam untuk mengenal ajaran ini.
Portugis memberikan ajaran bahwa Katolik merupakan agama yang memberikan kedamaian dan keselamatan. Kemudian, mereka menikahi para budak perempuan dan menganut Katolik.
Misi ini semakin didukung oleh banyaknya misionaris yang akhirnya menyebarkan ajaran Katolik di Maluku. Seperti Franciscus Xaverius yang berhasil membaptis ribuan orang. Lalu ada Simon Vaz, orang pertama yang berhasil mengajak bangsawan Ternate untuk mengimani ajaran Katolik. Sayangnya tahun 1575, seluruh orang-orang Portugis diusir dari Kepulauan Nusantara.