Suasana Lubang Buaya sesaat penggalian dilakukan. Pohon pisang itu merupakan sebuah kamuflase untuk menyembunyikan posisi sumur (Buku "Sang Patriot: Kisah Seorang Pahlawan Revolusi - Biografi Resmi Pierre Tendean/Abie Besman, 2019)
DI Pandjaitan meninggal dalam peristiwa G30S/PKI dan jenazahnya dimasukkan dalam sumur tua di kawasan Lubang Buaya, 1 Oktober 1965.
Bukan sendiri, DI Pandjaitan ditemukan bersama beberapa pimpinan TNI AD lainnya.
Pada 1 Oktober 1965 pagi sekelompok anggota Gerakan 30 September memaksa masuk ke pagar rumah Panjaitan di Jalan Hasanudin, Kebayoran Baru, Jakarta Selatan, dan membunuhnya setelah berusaha diculik.
Dia turun dengan seragam yang lengkap dan menyerahkan diri kepada Tuhan untuk memenuhi panggilan tugas yang dimanipulasi oleh gerombolan PKI dan ditembak mati.
Mayatnya ditemukan pada 4 Oktober, dan diberi pemakaman kenegaraan pada hari berikutnya.
Lewat Surat Keputusan Presiden RI. No 111/Koti tanggal 5 Oktober 1965, Brigjen Panjaitan ditetapkan sebagai Pahlawan Revolusi serta kemudian Pangkatnya dinaikkan secara Anumerta menjadii Mayor Jenderal.