ilustrasi penculikan anak (unsplash.com/eh_adit)
Pada 13 Maret 1998, Mugiyanto yang sedang bersembunyi di Rusun Klender, Jakarta Timur, ditangkap Tim Mawar Kopassus setelah ia menghadiri acara solidaritas Timor Leste.
Mugiyanto kemudian dibawa ke beberapa lokasi militer sebelum akhirnya ditahan di markas Kopassus Cijantung, Jakarta Timur. Di sana, ia mengalami penyiksaan dan interogasi intensif terkait aktivitas pro-demokrasinya dan hubungannya dengan tokoh-tokoh politik seperti Megawati dan Gus Dur.
Setelah dijerat UU Anti Subversi pada 15 Maret 1998, Mugiyanto akhirnya dibebaskan pada 6 Juni 1998, menyusul lengsernya Presiden Soeharto. Pasca-pembebasan, ia aktif bersama aktivis HAM Munir mengkampanyekan perlawanan terhadap penghilangan orang di PBB, dan menjadi koresponden stasiun televisi Belanda NOS untuk meliput isu-isu politik di Indonesia.