potret tengkorak dari babi kutil jawa (commons.wikimedia.org/Klaus Rassinger und Gerhard Cammerer)
Dengan peta persebaran babi kutil jawa yang sangat terfragmentasi ditambah dengan padatnya Pulau Jawa, rasanya sudah menjadi jawaban tersendiri dari status konservasi mereka. Menurut kategori IUCN Red List, babi liar ini sudah masuk dalam kategori terancam punah (Endangered) dengan tren populasi yang terus menurun. Malahan, babi kutil jawa sebenarnya menjadi salah satu spesies babi liar dengan jumlah paling sedikit di alam liar.
Secara spesifik, tidak ada laporan resmi yang menyebut angka populasi babi ini di alam liar. Namun, Earth Endangered Creatures melansir kalau diperkirakan jumlah babi kutil jawa hanya tersisa 172—377 individu. Penyebab kemunduran populasi mereka pun klasik, yaitu aktivitas manusia.
Mereka sering diburu untuk diambil daging di beberapa tempat. Selain itu, mengingat di beberapa lokasi habitat babi kutil jawa dekat dengan pemukiman manusia, mereka tak jarang berkonflik dengan masyarakat setempat karena menghancurkan tanaman sayur petani. Masalah semakin pelik karena kerusakan habitat yang sangat masif demi pembukaan lahan manusia.
Sebenarnya, ada satu faktor mengerikan lain yang dapat membuat babi kutil jawa punah. Mereka memiliki kerabat dekat bernama celeng indonesia (Sus scrofa vittatus) yang tinggal di lokasi yang sama dengan babi kutil jawa. Dengan semakin sempitnya ruang gerak kedua spesies babi ini, dikhawatirkan mereka dapat saling bertemu, kawin, hingga menciptakan babi hibrida yang akan merusak genetik dari babi kutil jawa sejati.