ilustrasi jaring yang mampu melukai (unsplash.com/Isabela Kronemberger)
Ancaman utama paus kepala melon adalah perburuan oleh manusia diikuti penggunaan alat tangkap seperti jaring dan tali pancing yang melukai dan membunuh mereka. Umumnya, pembunuhan yang dilakukan secara sengaja ini terjadi di Jepang dan Filipina. Di sisi lain, penangkapan secara tidak sengaja dengan jaring terjadi di Filipina, Indonesia, India, Malaysia, Afrika Barat, dan Kepulauan Karibia.
Kita dapat melihat bahwa Filipina secara sengaja memburu paus. Namun, ada kalanya paus kepala melon tersangkut secara tidak sengaja di jaring nelayan Filipina.
Mengutip National Oceanic and Atmospheric Administration Fisheries, kebisingan dalam laut mendorong paus kepala melon untuk pergi dari daerah yang penting bagi kelangsungan hidup mereka, seperti tempat makan dan berkembang biak. Selain perburuan, alat tangkap, dan kebisingan, polusi juga menjadi ancaman.