Masalah sengketa pihak ketiga berimbas pada kurang maksimalnya pengoperasian di Planetarium dan Observatorium Jakarta saat ini. Masyarakat kini tidak bisa menikmati fasilitas tempat belajar ilmu astronomi tersebut dengan maksimal.
Pengelola Planetarium, PT Bunga Lestari mengalami sengketa perdata dengan Carl Zeiss Jerman, pihak pengadaan dan perawatan suku cadang. Sejak tahun lalu, Carl Zeiss memutuskan untuk tidak lagi membantu Planetarium Jakarta.