Jose Antonio Rueda, yang menempati posisi start kedua, langsung memimpin balapan. Di sisi lain, Guido Pini justru turun ke posisi ketiga. Posisi Pini bahkan sempat turun ke posisi kedelapan pada lap ketiga. Namun, pembalap asal Italia itu mampu naik ke posisi ketujuh setelah menyalip David Munoz pada lap kelima.
Maximo Quiles, yang menempel ketat Rueda sejak lap pertama, ikut turun ke posisi kelima pada lap keenam. Kondisi tersebut membuat rekan setim Quiles, Dennis Foggia, berkesempatan memangkas jarak dari Rueda. Namun, Quiles naik ke posisi keempat pada lap ketujuh.
Quiles kembali masuk zona tiga besar pada lap kedelapan. Pembalap Aspar Team itu membuntuti Foggia untuk mengambil alih posisi kedua. Usahanya membuahkan hasil setelah mengasapi Foggia pada lap kesepuluh. Foggia tak mengendurkan upayanya untuk merebut kembali posisi kedua dari Quiles.
Foggia berada di posisi kedua pada lap ke-14. Namun, pembalap bernomor motor 71 itu tak bisa mempertahankan kedudukannya karena disalip Quiles pada lap ke-15. Foggia malah melorot ke posisi kelima setelah disalip Angel Piqueras dan David Munoz di tikungan pertama pada lap pemungkas.
Selepas itu, Munoz mampu mengasapi Piqueras sehingga bercokol di posisi ketiga. Pembalap Dynavolt Intact GP itu menjaga posisinya hingga bendera finis berkibar. Rueda, yang nyaman di depan, memastikan diri menjadi pemenang dengan keunggulan 3,471 detik atas Quiles. Adapun pembalap yang finis di zona 15 besar pada balapan Moto3 Ceko 2025 adalah sebagai berikut:
Jose Antonio Rueda (Red Bull KTM Ajo);
Maximo Quiles (CFMoto Gaviota Aspar Team) +3,471 detik;
David Munoz (LIQUI MOLY Dynavolt Intact GP) +3,495 detik;
Angel Piqueras (MT Helmet-MSI) +3,559 detik;
Dennis Foggia (CFMoto Gaviota Aspar Team) +3,689 detik;
Adrian Fernandez (Leopard Racing) +3,867 detik;
David Almansa (Leopard Racing) +4,420 detik;
Valentin Perrone (Red Bull KTM Tech3) +5,579 detik;
Ryusei Yamanaka (MT Helmet-MSI) +5,597 detik;
Guido Pini (LIQUI MOLY Dynavolt Intact GP) +5,985 detik;
Taiyo Furusato (Honda Team Asia) +6,088 detik;
Marcos Uriarte (LEVELUP-MTA) +6,459 detik;
Alvaro Carpe (Red Bull KTM Ajo) +10,711 detik;
Marco Morelli (DENSSI Racing-BOE) +10,779 detik;
Jacob Roulstone (Red Bull KTM Tech3) +10,817 detik.