Setelah 5 tahun membela Bayern Munich, Niklas Suele menyeberang ke Borussia Dortmund. Ia hengkang dari Allianz Arena setelah kontraknya berakhir pada musim panas 2021. Bek setinggi 195 cm ini kemudian berlabuh ke Signal Iduna Park dengan status bebas transfer.
Bersama Borussia Dortmund, Suele mampu diandalkan dalam 2 musim pertamanya. Ia turut membantu tim kompetitif hingga menembus final Liga Champions 2023/2024. Sayangnya, ia mengalami cedera pada lututnya pada 2024. Ia sempat absen lama sebelum akhirnya kembali cedera pada April 2026. Setelah itu, ia memutuskan pensiun pada akhir musim 2025/2026.
Kendati banyak melewatkan pertandingan karena cedera, Suele merupakan sosok andalan ketika dalam kondisi terbaiknya. Bersama Borussia Dortmund, ia mencatatkan 110 penampilan di lintas ajang dengan kontribusi 5 gol dan 6 assist. Meski belum berhasil memberikan trofi, masa 4 tahunnya di Signal Iduna Park memberikan kesan tersendiri, terutama 2 tahun awalnya.
Dengan usia masih 30 tahun, pensiun sebagai pesepak bola karena cedera memang bukan menjadi harapan. Namun, Niklas Suele memilihnya demi mencegah hal lebih buruk terjadi terhadap tubuhnya. Meski begitu, ia punya kesempatan lain untuk menjadi pelatih. Dengan ditangani sederet pelatih top, peluangnya menjadi juru taktik sangat potensial di masa depan.