Diselingi kehadiran Honda Kirana dan Honda Karisma, PT AHM lantas melanjutkan generasi Supra dengan menghadirkan Supra X 125 pada tahun 2005. Seperti namanya, ada peningkatan kapasitas mesin, dari semula 100cc menjadi 125cc.
Di pasaran dalam negeri, Supra X 125 tersedia dalam dua tipe, yakni Supra X 125R dan Supra X 125D. Jika Supra X 125D adalah versi Standard, maka Supra X 125R sudah dipasangi velg racing, rem cakram belakang, dan indikator digital.
Tahun 2008, Honda melakukan penyegaran pada varian Supra X 125, dengan knalpot yang lebih sporty, rem cakram di roda depan dan belakang, serta lampu sein yang menyatu dengan lampu senja. New Supra X 125 ini bertahan hingga tahun 2013.
Dihadirkan pula model yang membawa teknologi PGM-FI, yang lantas menjadi perbincangan hangat di kalangan konsumen. Varian ini diklaim lebih hemat bahan bakar, dan masih diproduksi hingga sekarang.