Kakao dalam cokelat memiliki manfaat yang baik bagi kesehatan. Kakao mengandung berbagai komponen terutama lipid atau lemak (asam oleat 35 persen, asam palmitat 25 persen, dan asam stearat 35 persen), mineral (magnesium, tembaga, kalium dan kalsium) dan polifenol.
Selain itu terkandung juga serat dan teobromin. Lemak adalah salah satu komponen paling penting dari kakao. Minyak dalam kakao disebut dengan lemak kakao atau cocoa butter.
Cocoa butter merupakan campuran asam lemak tak jenuh tunggal dan jenuh. Lemak tak jenuh berupa asam oleat sebanyak 35 persen, sedangkan lemak jenuh berupa asam palmitat sebanyak 25 persen, dan asam stearat sebanyak 35 persen.
Secara umum, konsumsi asam lemak jenuh dikaitkan dengan peningkatan risiko penyakit jantung koroner karena asam lemak jenuh dapat meningkatkan kadar low-density lipoprotein (LDL) atau kolesterol jahat dan kolesterol total dalam darah.
Asam lemak jenuh dalam kakao, yaitu asam stearat, tidak meningkatkan kadar lipid serum ke tingkat yang sama dibandingkan dengan asam lemak jenuh lainnya.
Cokelat juga mengandung banyak mineral, beberapa mineral penting termasuk magnesium, tembaga, kalium, dan kalsium. Jumlah mineral yang ada dalam cokelat didasarkan pada jumlah padatan biji kakao. Dark chocolate disebut-sebut cenderung memiliki lebih banyak mineral daripada milk chocolate.
Kandungan dalam kakao yang juga tak kalah penting adalah polifenol, yang selanjutnya dapat diklasifikasikan sebagai flavonoid. Golongan flavonoid yang paling banyak ditemukan pada biji kakao adalah flavan-3-ols, katekin, epikatekin, dan proantosianidin.
Jumlah total polifenol yang terdapat dalam kakao bisa mencapai 12-18 persen dari berat kering kakao utuh. Salah satu senyawa polifenol, yaitu flavanol, memberikan rasa sepat dan pahit pada produk kakao. Rasa tersebut sering kali disamarkan dalam cokelat dengan pemrosesan yang agresif dan penambahan rasa lainnya. Namun, konsentrasi polifenol dalam kakao mengalami penurunan selama pemrosesan hingga 10 kali lipat.