Kedatangan Paus Fransiskus ke Indonesia turut melibatkan berbagai publik figur, salah satunya adalah Habib Husein Jafar. Ia menjadi salah satu tokoh agama yang diundang, untuk bertemu Paus Fransiskus saat kunjungi Masjid Istiqlal.
Habib Jafar membaur dengan para tamu undangan lain, terlihat menyimak pidato dari Paus Fransiskus di Masjid Istiqlal. Habib Jafar pun turut mengabadikan momen pertemuannya dengan Paus Fransiskus di media sosial.