Kalau ada satu hal yang paling mengganggu dari Beautiful Pain, jawabannya adalah struktur cerita. Film memilih menggunakan alur non-linear untuk menceritakan perjalanan Niken. Secara teori, keputusan tersebut bisa membuat pengalaman menonton menjadi lebih dramatis karena informasi diberikan sedikit demi sedikit. Masalahnya, perpindahan timeline terasa kurang mulus.
Beberapa adegan melompat ke masa lalu ketika penonton masih mencoba memahami situasi pada masa kini. Alih-alih membangun rasa penasaran, perpindahan tersebut justru beberapa kali memutus emosi yang sudah terbangun.
Contohnya terlihat dalam hubungan Niken dan Dirga. Film memperlihatkan bahwa mereka telah resmi bercerai, lalu kembali membawa penonton ke masa ketika keduanya masih bersama. Namun, kontras antara keluarga yang terlihat harmonis dalam beberapa flashback dan perilaku Dirga yang merendahkan Niken tidak selalu mendapatkan jembatan naratif yang cukup kuat. Akibatnya, hubungan mereka terkadang terasa lebih seperti alat untuk menggerakkan plot daripada hubungan yang berkembang secara organik.
Ada pula detail-detail kecil yang membuat film terasa kurang konsisten. Luka Naya, misalnya, awalnya diperlihatkan cukup parah dengan lebam dan lecet, tetapi pada adegan malam berikutnya kondisinya tiba-tiba jauh lebih ringan dan hanya menyisakan plester. Detail seperti ini memang bukan masalah terbesar dalam sebuah film. Namun, ketika cerita sedang berusaha membuat penonton percaya pada penderitaan karakter, kontinuitas visual semacam itu menjadi penting.
Begitu pula dengan perkembangan kehidupan Niken setelah mendapatkan pekerjaan sebagai aktris. Film membuatnya semuanya terlihat cepat. Niken mampu membeli rumah besar dan dua kendaraan, meski sebelumnya disebutkan ia hanya mendapatkan honor Rp5 juta dengan kontrak 100 episode. Tanpa penjelasan mengenai rentang waktu atau kondisi finansialnya, perkembangan tersebut terasa terlalu instan.
Ada pula adegan ketika Niken membujuk Naia. Dialog yang digunakan terasa terlalu kompleks untuk anak yang masih duduk di sekolah dasar. Perubahan sikap Naia juga berlangsung terlalu cepat, terutama jika dibandingkan dengan karakternya yang sebelumnya digambarkan cukup keras kepala. Beautiful Pain memiliki cerita yang sebenarnya kuat, tetapi belum sepenuhnya percaya diri dalam menyusunnya.