Putra Mahkota Yi Gun (Suho EXO) di drakor Missing Crown Prince dilengserkan dari takhtanya. Sebab, ia dituduh sebagai pengkhianat yang meracuni ayahnya sendiri, raja Haejeong (Jeon Jin Oh).
Hal itu menjadi salah satu rencana jahat yang dilancarkan oleh Ibu Suri Min Soo Ryeon (Myung Se Bin) dan kekasihnya gelapnya, Kepala Tabib Istana Choi Sang Rok (Kim Joo Hun).
Akibat tuduhan palsu itu, Yi Gun harus berusaha bertahan hidup dalam pelariannya. Ia berkelana di luar istana demi bisa menemukan bukti kejahatan ibu suri dan Choi Sang Rok. Lewat tiga usaha berikut ini Yi Gun pun mencoba membersihkan namanya di Missing Crown Prince.