Konflik drakor Missing Crown Prince kian memanas. Pangeran Do Sung (Kim Min Kyu) yang awalnya sayang dengan sang kakak, Putra Mahkota Yi Gun (Suho EXO), tiba-tiba marah dan membencinya.
Ada beberapa hal yang menyebabkan Do Sung bertindak seperti itu kepada sang abang. Berikut tiga di antaranya.
Ratu Yoon (Yoo Se Rye) telah membunuh pencicip makanan kerajaan saat di penjara. Ia takut jika Dosung nantinya bisa terlibat karena kasus tersebut berhubungan dengan ibu suri. Pengawal yang melihat kejadian tersebut, langsung memberitahu kepada Dosung.
Dosung yang pikirannya tengah kalut langsung pergi ke kamar sang kakak. Ia menceritakan kejadian tersebut. Yi Gun menenangkan hati Dosung dan berjanji untuk melindungi sang ibu. Keesokan paginya, Yi Gun mengumumkan bahwa dirinya telah membunuh sang pencicip makanan kerajaan.
Semula berjalan dengan baik. Tiba-tiba saja, belati ratu yang digunakan, telah ditemukan. Para pejabat pun meminta agar Yi Gun tak perlu melindungi sang ratu. Akhirnya, ratu beserta dayangnya dikurung.
Kepercayaan Dosung kepada sang kakak mulai goyah. Ia pun sempat tak mau menemui Yi Gun. Padahal kejadian tersebut, Yi Gun tidak ada sangkut pautnya. Justru, itu semua adalah tindakan dari kakek Yi Gun.
Yoon Yi Gyeom adalah Penasehat Negara Kiri sekaligus kakek Dosung. Ia terobsesi agar Dosung bisa menjadi putra mahkota. Melihat Dosung yang sangat menyayangi Yi Gun, Yoon Yi Gyeom berbagai cara untuk memisahkan keduanya.
Ratu Yoon dikurung adalah waktu yang tepat bagi Yoon Yi Gyeom. Ia pun berpura-pura lengannya terluka akibat pedang Gap Seok (Kim Seol Jin). Ia mengatakan kepada Dosung bahwa hal ini dilakukan oleh Yi Gun. Ingin membuat Dosung percaya, Yoon Gi Gyeom pun memanggil pengawal raja, Joong Young (Choi Joong Yoon) yang merupakan saksi kejadian.
Alhasil, Dosung pun percaya pada perkataan sang kakek. Berawal dari ibunya yang dikurung dan sang kakek terkena pedang, Dosung mulai marah kepada Yi Gun. Ia tak mau lagi mencari kebenaran atas cerita dari sang kakek.
Berawal dua masalah di atas, Dosung mulai marah kepada Yi Gun. Belum reda amarah, ia harus melihat Choi Myung Yoon (Hong Ye Ji) yang akrab dengan sang abang. Dalam hal ini, Dosung juga menyukai perempuan tersebut.
Tibalah suatu moment di mana para penyusup masuk ke istana. Mereka ingin mencelakai Choi Myung Yoon. Untung saja, anak Choi Sang Rok (Kim Joo Hun) itu bisa menghajar mereka. Yi Gun pun datang untuk mengecek keadaan Choi Myung Yoon.
Tiba-tiba, Dosung datang dan langsung menarik tangan Choi Myung Yoon. Ia beranggapan bahwa kakek Yi Gun yang memberi perintah untuk membunuh Choi Myung Yoon. Ia pun dengan berani bilang kepada Yi Gun bahwa dirinya akan menjadi putra mahkota. Ia berpikir bahwa dirinya bisa melindungi orang yang disayanginya.
Hubungan Dosung dan Yi Gun saat ini tengah berjarak. Dosung pun menjadi lupa akan kebaikan yang telah dilakukan oleh abangnya. Ia percaya pada apa yang dilihat tanpa mengetahui kebenarannya. Lantas, bagaimana hubungan Dosung dan Yi Gun selanjutnya? Akankah mereka bisa berdamai? Missing Crown Prince akan menayangkan episode terakhirnya pada Minggu (16/6/2024).