Saat ini, UNESA memiliki total 12 fakultas yang menaungi puluhan program studi untuk program Vokasi (D4), Sarjana (S1), Magister (S2), dan Doktoral (S3). Berikut daftarnya:
Fakultas Ilmu Pendidikan: Bimbingan dan Konseling, Pendidikan Luar Sekolah, Teknologi Pendidikan, Pendidikan Luar Biasa, Pendidikan Guru Sekolah Dasar, Pendidikan Guru-Pendidikan Anak Usia Dini, Psikologi, dan Manajemen Pendidikan.
Fakultas Vokasi: Teknik Listrik, Teknik Sipil, Tata Busana, Desain Grafis, Teknik Mesin, Transportasi, Kepelatihan Olahraga, Teknologi Rekayasa Otomotif, Manajemen Informatika, Tata Boga, Administrasi Negara, dan Terapan Industri Kreatif.
Fakultas Bahasa dan Seni: Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia, Sastra Indonesia, Pendidikan Bahasa Inggris, Sastra Inggris, Pendidikan Bahasa Jerman, Sastra Jerman, Pendidikan Bahasa Jepang, Pendidikan Bahasa Mandarin, Pendidikan Bahasa dan Sastra Jawa, Pendidikan Seni Rupa, Seni Rupa Murni, Pendidikan Seni Drama Tari dan Musik, Musik, Desain Komunikasi Visual, Film dan Animasi, Pendidikan Seni Budaya, Pendidikan Seni, dan Pendidikan Bahasa Indonesia.
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam: Pendidikan Matematika, Matematika, Pendidikan Fisika, Fisika, Pendidikan Kimia, Kimia, Pendidikan Biologi, Biologi, Pendidikan Ilmu Pengetahuan Alam, Pendidikan Sains, Sains Data, Sains Aktuaria, dan Kecerdasan Artifisial.
Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik: Administrasi Publik, Pendidikan Geografi, Pendidikan IPS, Pendidikan Ilmu Sosial, Hubungan Internasional, Sosiologi, Ilmu Komunikasi, Pendidikan Pancasila dan Kewarganegaraan, Ilmu Kewarganegaraan, dan Ilmu Politik.
Fakultas Teknik: Pendidikan Teknik Elektro, Pendidikan Teknik Mesin, Pendidikan Teknik Bangunan, Pendidikan Tata Busana, Pendidikan Tata Boga, Pendidikan Tata Rias, Pendidikan Teknologi Informasi, Teknik Elektro, Teknik Mesin, Teknik Sipil, Teknik Informatika, Sistem Informasi, Perencanaan Wilayah dan Kota, Pariwisata, Pendidikan Vokasional Teknologi Otomotif, Teknik Pertambangan, Teknik Metalurgi, Informatika, dan PKK.
Fakultas Ilmu Keolahragaan dan Kesehatan: Pendidikan Jasmani, Kesehatan dan Rekreasi, Pendidikan Kepelatihan Olahraga, Ilmu Keolahragaan, Gizi, Manajemen Olahraga, Pendidikan Olahraga, dan Manajemen Olahraga.
Fakultas Ekonomika dan Bisnis: Pendidikan Ekonomi, Pendidikan Akuntansi, Pendidikan Administrasi Perkantoran, Pendidikan Bisnis, Manajemen, Akuntansi, Ekonomi Islam, Ekonomi, Bisnis Digital, Perekonomian Islam dan Industri Halal.
Fakultas Kedokteran: Kedokteran, Fisioterapi, Kebidanan, Keperawatan, Kedokteran Gigi, Pendidikan Profesi Dokter, Pendidikan Profesi Bidan, Pendidikan Profesi Ners, dan Pendidikan Profesi Dokter Gigi.
Fakultas Hukum: Hukum dan Ilmu Hukum.
Fakultas Psikologi: Psikologi.
Fakultas Ketahanan Pangan: Agribisnis Digital, Akuakultur, Bioteknologi, Biosains Hewan, Teknologi Pangan dan Hasil Pertanian.