Yusuf menerangkan Yayasan Mujahidin bukan seperti ormas NU, Muhammadiyah, Prestige, Salafi, maupun Jamaah Ansharut Tauhid (JAT).
Namun, yayasan ini memang punya hubungan dengan Pemimpin Majelis Mujahidin Indonesia, Abu Bakar Ba'asyir yang disebut-sebut sebagai Guru Spiritual Jamaah Islamiyah (JI) oleh Badan Intelegen Negara (BIN).
Sehingga, kata Yusuf, Abu Bakar diundang untuk memberi tausiyah di Masjid Mujahidin Surabaya.
"Itu dua minggu sebelum Bom Bali ke sini. Penuh jamaahnya, namanya aja Mujahidin ya semangatnya membakar," kata Yusuf.
Kapolda Jawa Timur Irjen Pol Machfud Arifin sebelumnya mengungkapkan, ada indikasi sel-sel radikalisme di Masjid Mujahidin. Bahkan, Machfud menyebutkan ada penceramah dengan penggalan 'sebaik-baiknya orang Islam adalah teroris', sehingga akhirnya ia pun diamankan kepolisian.
Hasil penelusuran IDN Times, pada 2017 juga ada ceramah Alfian Tanjung di Masjid Mujahidin yang kontroversial, diunggah ke Youtube oleh pengurus masjid. Isinya terkait Partai Komunis Indonesia (PKI) dan Partai Komunis Cina (PKC). Alhasil, lima orang diperiksa Bareskrim Polri.