Ghannouchi merupakan salah satu pendiri dari Partai Ennahdha. Setelah belajar filsafat di Damaskus dan di Sorbonne di Paris, dia kembali ke Tunisia dan bergabung dengan Qurʾānic Preservation Society pada 1970.
Pada tahun 1981, dia membantu mengorganisir Gerakan Tendensi Islam, yang kemudian menjadi Ennahda. Pendirian partai ini mengakibatkan dirinya dipenjara. Kembalinya Ghannouchi ke Tunisia setelah lebih dari 20 tahun di pengasingan terjadi setelah revolusi memaksa Presiden Tunisia saat itu, Zine al-Abidine Ben Ali. mundurdari kekuasaan pada Januari 2011.
Pada Februari 2011 Ennahda secara resmi disahkan, membuka jalan untuk memasukkan kandidat dalam pemilihan umum. Partai itu adalah salah satu partai paling populer dan berpengaruh di Tunisia pada tahun-tahun berikutnya dan karier Ghannouchi di politik juga meningkat tajam.