David Almansa langsung memimpin jalannya balapan setelah memulai dari posisi terdepan. Namun, keunggulan tersebut tak bertahan lama karena Brian Uriarte sukses mengasapi Almansa pada lap ketiga. Pada lap ketujuh, Alvaro Carpe mengambil alih posisi kedua dari Almansa.
Berselang satu lap, Almansa kembali berada di posisi kedua usai mengasapi Carpe. Pada lap kesembilan, Almansa berada di posisi pertama karena Brian Uriarte menjalani long lap penalty. Di sisi lain, Maximo Quiles menyalip Carpe pada lap 12 untuk berada di posisi kedua.
Quiles terus memangkas jarak dari Almansa hingga lap pemungkas. Sayangnya, pembalap Aspar Team itu gagal merebut posisi terdepan. Almansa berhasil memenangi balapan dengan keunggulan 0,046 detik atas Quiles.
Almansa menjadi pembalap ke-12 yang memenangi balapan Moto3 Jepang di Sirkuit Motegi sejak kelas balap itu dimulai pada 2012. Alex Marquez masih menjadi pembalap dengan kemenangan terbanyak di sirkuit yang sama dengan perolehan dua kemenangan. Daftar pembalap Moto3 yang pernah naik podium di Sirkuit Motegi mengacu data Forix per 4 Oktober 2026 adalah sebagai berikut:
Alex Marquez - 2 kemenangan;
Danny Kent - 1 kemenangan;
Niccolo Antonelli - 1 kemenangan;
Enea Bastianini - 1 kemenangan;
Romano Fenati - 1 kemenangan;
Marco Bezzecchi - 1 kemenangan;
Lorenzo Dalla Porta - 1 kemenangan;
Izan Guevara - 1 kemenangan;
Jaume Masia - 1 kemenangan;
David Alonso - 1 kemenangan;
David Munoz - 1 kemenangan;
David Almansa - 1 kemenangan.