Jalur Pantura di Banten melewati Merak, Cilegon, Kramatwatu, Serang, Ciruas, Kragilan, Kibin, Cikande, Jayanti, Balaraja, Tigaraksa, Cikupa, Curug, Jatake, Gandasari, Keroncong, Jatiuwung, Periuk, Sangiang Jaya, Uwung Jaya, Cibodas, Cimone, Karawaci, Cimone Jaya, Pabuaran, Gerendeng, Pasar Baru, Tangerang, Tangerang, Suka Asih, Tanah Tinggi, dan Batuceper.
Jalur Pantura di Jakarata melewati Kalideres, Cengkareng, Jelambar, Tambora, Pluit, Penjaringan, Ancol, Tanjung Priok, Koja, Kelapa Gading, Pulo Gadung, dan Cakung.
Jalur Pantura di Jawa Barat melewati Metropolitan Jakarta, Tambun, Cibitung, Cikarang, Karawang, Klari, Kosambi, Dawuan, Cikampek, Sukamandi, Pamanukan, Kandanghaur, Lohbener, Jatibarang, Arjawinangun, Palimanan, Weru, Cirebon, dan Losari.
Jalur Pantura di Jawa Tengah melewati Tanjung, Pejagan, Brebes, Tegal, Suradadi, Pemalang, Petarukan, Comal, Pekalongan, Batang, Gringsing, Weleri, Kendal, Kaliwungu, Semarang, Demak, Trengguli, Kudus, Pati, Juwana, Rembang, dan Lasem.
Jalur Pantura di Jawa Timur melewati Tuban, Lohgung, Paciran, Gresik, Surabaya, Waru, Sidoarjo, Porong, Gempol, Bangil, Pasuruan, Nguling, Probolinggo, Kraksaan, Paiton, Besuki, Panarukan, Situbondo, Bajulmati, dan Ketapang.