Walaupun ikonik, tetapi Sungai Seine merupakan perairan yang diketahui terkontaminasi. Ada cukup banyak risiko terhadap kesehatan manusia sehingga pemerintah setempat telah melarang berenang di Sungai Seine sejak tahun 1923.
Akan tetapi, penyelenggara Olimpiade ingin mengubahnya, bahkan untuk sementara, dengan menggelar renang maraton dan renang triathlon Olimpiade Paris di sana, dan menggelontorkan $1,5 miliar untuk membangun tangki besar di bawah Sungai Seine untuk menampung air hujan saat hujan lebat dan badai.
Air di dalam tangki kemudian disalurkan secara bertahap ke fasilitas air limbah untuk diolah dan kemudian air bersih dialirkan kembali ke Sungai Seine. Para insinyur juga memperbaiki pipa limbah dari perahu dan dermaga di sepanjang sungai untuk membatasi jumlah limbah terkontaminasi yang merembes ke sungai.
Para atlet renang maraton dan triatlon berharap bahwa tingkat bakteri Sungai Seine, Paris, cukup aman untuk dipakai berenang.