Tidak lama setelah terbebas dari tuduhan penyalahgunaan wewenang untuk memanipulasi nilai para siswa SMA Byeongmun, Seo Myeong Joo (Kim Shin Rok) segera mendatangi sekolah dan menyelesaikan permasalahannya yang tertunda dengan Jung Hae Seong (Seo Kang Joon) di Undercover High School. Seo Myeong Joo langsung memberhentikan Jung Hae Seong sebagai siswa SMA Byeongmun dan mengeluarkannya dari sekolah.
Sikap yang diambil Seo Myeong Joo ini ternyata berdampak luas dan menyebabkan beragam peristiwa terjadi sesudahnya dalam drakor Undercover High School. Beberapa peristiwa tersebut dapat dilihat dalam rangkuman berikut.