Marie-Louise Eta bergabung dengan tim kepelatihan Union Berlin pada musim panas 2023. Ia kala itu ditunjuk sebagai asisten Marco Grote untuk Union Berlin U-19. Eta dan Grote kemudian sempat menangani tim utama Union Berlin ketika Urs Fischer hengkang pada November 2023. Ketika Union Berlin menunjuk Nenad Bjelica sebagai pelatih kepala, Eta tetap dipertahankan sebagai asisten pelatih sampai Sebastian Bonig kembali dari cuti.
Ia sempat meninggalkan Union Berlin setelah kontraknya tidak diperpanjang pada Juni 2024. Eta kemudian melakoni profesi sebagai pelatih individual untuk sepak bola perempuan pada Juli 2024--Juni 2025. Ia kembali ke Union Berlin sebagai pelatih kepala untuk tim U-19 pada musim panas 2025. Setelah manajemen klub memecat Stefan Baumgart, Eta secara mengejutkan diangkat sebagai pelatih interim untuk tim utama pada April 2026.
Dilansir laman resmi Bundesliga, Eta mengaku senang telah diberikan kepercayaan manajemen Union Berlin untuk menangani tim utama sampai akhir 2025/2026. Ia menegaskan posisi Union Berlin belum aman dari ancaman degradasi sehingga tim perlu bekerja keras dan saling berkolaborasi. Sayangnya, debut Eta sebagai pelatih interim tidak begitu cemerlang usai Union Berlin menelan kekalahan 1-2 dari Wolfsburg pada pekan 30 Bundesliga 2025/2026 pada 18 April 2026.
Marie-Louise Eta menciptakan sejarah sebagai pelatih perempuan pertama yang menangani tim utama laki-laki di lima liga top Eropa. Ia membuktikan kesempatan melatih tim utama sepak bola laki-laki terbuka kepada siapapun tanpa memandang jenis kelamin. Eta menjadi inspirasi bagi pelaku sepak bola perempuan yang bermimpi untuk menjadi pemain dan melanjutkan karier sebagai pelatih usai gantung sepatu.