Baresi adalah produk asli dari AC Milan. Dia sebenarnya punya potensi untuk membela Inter Milan, tapi Inter menolaknya dan lebih memilih saudaranya, Giuseppe Baresi. Franco pun menyeberang ke Milan.
Dari situlah, takdir sudah tertaut. Ciamik bersama tim Primavera, Baresi pun menorehkan debut di Serie A pada usia 17 tahun, tepatnya pada musim 1977/78. Setelahnya, dia selalu jadi andalan Milan.
Kesetiaan Baresi pada Milan pun sudah teruji ketika 'Rossoneri' terdegradasi ke Serie B pada 1980/81 dan 1982/83. Dia malah turut membawa Milan promosi dua kali pada musim tersebut, dan jadi simbol tim.
Pada era 1987 sampai 1996, Baresi menjadi pusat dari segala prestasi yang dicapai Milan. Dia jadi kapten tim, mengasuh nama-nama macam Paolo Maldini hingga trio Ruud Gullit, Marco van Basten, dan Frank Rijkaard.
Di bawah naungan Baresi juga, Milan sukses di Eropa dalam periode tersebut. Mereka meraih tiga gelar Liga Champions, salah satunya dengan mengalahkan skuad ikonik Barcelona pada final musim 1993/94.
Selama berkarier di AC Milan, Baresi total meraih 19 gelar, yang di antaranya enam gelar Serie A dan tiga gelar Liga Champions. Dari sinilah, bakatnya tercium Timnas Italia.