Terungkap Begini Kisah Perjalanan Virus Corona Masuk ke Indonesia

Peneliti postdoctoral LBM Eijkman di bidang evolusi dan genetika populasi, 
Pradiptajati Kusuma, menulis secara rinci perjalanan tiga virus COVID-19 di akun Facebook-nya pada Selasa (5/5) pukul 09.54 WIB.

"Jadi 3 sampel virus di Indonesia berasal dari mana? Sebuah cuplikan studi Nexstrain," dia mengawali tulisannya.

Pradiptajati mengatakan, saat ini LBM Eijkman telah men-submit 3 sekuens full genome dari virus SARS-COV-2 pada pasien Indonesia, dengan ID: EIJK2444; EIJK0141; dan EIJK0317, ke portal GISAID.

Menurutnya, data sekarang sudah available dan bisa diakses siapa saja, asal sudah mendaftar di GISAID. Dengan demikian, mudah saja 3 sampel tersebut berasal dari mana transmisinya, jika sekuens Indonesia sudah di tangan, dan belasan ribu sekuens pembanding lainnya juga tersedia.

"Tapi karena saya malas men-download semuanya itu, jadi saya memfilter analisis global dari Institusi/Organisasi lain untuk melihat asal-muasal sampel Indonesia. Organisasi tersebut bernama Nextstrain (https://nextstrain.org) yang sudah sangat baik mengkurasi data dari GISAID, menganalisis, dan memvisualisasikannya. Kudos to Nexstrain!" ungkapnya.

Dia mengungkapkan, dari 3 sampel tersebut, secara evolusi semua transmisinya berasal dari Tiongkok, sama seperti manusia modern yang berasal dari Afrika.

Virus dari Tiongkok itu kemudian bermigrasi dan berevolusi sepanjang migrasinya, sepanjang lompatan dari satu host ke host lainnya. Sama seperti manusia terus berevolusi. Tapi bedanya, virus berevolusi jauh lebih cepat dibanding manusia.

"Menariknya ada 2 grup (clade) besar, yakni grup Asia dan Eropa, yang berevolusi secara paralel di kedua grup tersebut. Grup tersebut ditandai oleh diferensiasi mutasi asam amino pada protein ORF1B (open reading frame) pada posisi asam amino 314, juga pada protein S (spike) pada posisi asam amino 614," papar Pradiptajati. 

Sementara ketiga sampel Indonesia berada di grup Asia. Menariknya, protein S terdiferensiasi secara regional.

"Pasti ada fungsi yang berpengaruh. Tapi saya lihat gen ACE2 di dunia kok ga berbeda ya. Ini untuk diteliti lebih jauh oleh virolog Indonesia. Anyway, namun sekali lagi, semua berasal dari China ya," tegas dia.

Pradiptajati membeberkan, meski 3 sampel virus tersebut berasal dari Tiongkok tapi kisah perjalanannya berbeda-beda.

Sampel virus EIJK2444 berasal dari Jepang. Awalnya berjalan dari Tiongkok, menuju Australia, dan Jepang, dan akhirnya ke Indonesia.

Pada akhirnya, virus ID EIJK2444 memiliki mutasi asam amino pada protein S posisi 76, dari Threonine menjadi Isoleucine.

Sedangkan sampel virus EIJK0317 berasal dari Uni Emirat Arab. Awalnya berjalan dari Tiongkok menuju Inggris, kemudian Amerika Serikat, Uni Emirat Arab, dan berakhir di Indonesia. Pada akhirnya, virus ID EIJK0317 memiliki mutasi asam amino pada protein ORF1a posisi 461 dari Isoleucine menjadi Valine.

Kemudian sampel virus EIJK0141 berasal dari Amerika Serikat. Awalnya berjalan dari Tiongkok, menuju Inggris, kemudian Amerika Serikat, dan berakhir di Indonesia. Pada akhirnya virus ID EIJK0141 memiliki mutasi asam amino pada protein ORF1a posisi 2103 dari Serine menjadi Phenilalanine.

Menariknya, kata Pradiptajati, ketiga virus di Indonesia tersebut tidak (atau belum?) menjadi source bagi mutasi virus lainnya di negara lain. Setelahnya hanya terjadi pada transmisi lokal. Selanjutnya akan dilihat pada sekuens-sekuens baru dari sampel Indonesia.

Selain itu, semua mutasi kunci virus di Indonesia ini bersifat non-synonymous. Perlu dipelajari bagaimana mutasi ini berakibat pada struktur protein virus tersebut dan fungsinya.

"Apakah mengubah fungsi atau tidak, dan ini serem siy. Mutasi fungsi jika lajunya cepat, bisa susah ditangani. Tapi, para virolog di Lembaga Biologi Molekuler Eijkman bisa menganalisisnya," ungkap dia.