kover Harvest Moon: Skytree Village (dok. Natsume/Harvest Moon: Skytree Village)
Harvest Moon: Skytree Village menjadi entri kedua Natsume tanpa Marvelous di Nintendo 3DS. Ia hadir sebagai seri eksklusif. Skytree Village dirilis pertama kali pada 2016 di Amerika Serikat dan 2017 di Eropa.
Premis game ini sama seperti pendahulunya. Pemain akan berperan sebagai petani muda. Namun, tidak seperti Harvest Moon 3D: The Lost Valley, Skytree Village berlatar tempat di dataran bernama Oasis of the Harvest Goddess. Dulunya, banyak orang tinggal di Skytree Village. Tanahnya subur dan hijau. Namun, setelah kekuatan Harvest Goddess berangsur-angsur memudar, tanahnya menjadi gersang dan kering.
Pemain akan berperan sebagai Mike atau Sabrina. Ini tergantung pilihan gender. Opsi manapun yang dipilih akan memiliki jalan cerita yang sama. Pemain diminta memulihkan Skytree dan mengembalikan kekuatan Harvest Goddess. Dengan begitu, desa akan baik-baik saja.
Sementara Natsume tetap dengan nama Harvest Moon, Marvelous sebagai developer aslinya beralih kepada judul Story of Seasons. Mereka juga menelurkan beberapa karya di Nintendo 3DS. Salah satunya Story of Seasons yang rilis pada tahun yang sama dengan Harvest Moon 3D: The Lost Valley.