Mikrobioma usus atau mikrobioma gastrointestinal pada manusia terdiri dari triliunan mikroorganisme. Organisme-organisme tersebut memiliki peran penting dalam pencernaan dan kesehatan tubuh secara keseluruhan. Maka dari itu, menjaga jumlah bakteri baik perut sangat penting.
Jumlah mikroorganisme yang ada dalam usus dipengaruhi oleh berbagai faktor, seperti makanan, lingkungan, dan obat-obatan. Menurut penelitian, puasa Ramadan memiliki pengaruh terhadap komposisi mikrobiota usus.