Semua penggemar tahu bahwa seri Naruto penuh dengan tikungan, belokan, dan misteri hingga akhir. Entah itu karakter villain yang menyembunyikan identitas aslinya atau latar belakang heroes yang kurang detail, ada banyak misteri besar yang membuat penggemar menebak dengan teori dan penjelasan potensial. Akhirnya, beberapa misteri-misteri terpecahkan setelah bertahun-tahun penggemar berspekulasi.
Di sisi lain, ada juga misteri tertentu dari seri ini yang tidak pernah dijelaskan secara penuh. Misteri-misteri itu mungkin sedikit terungkap, tetapi itu tidak menghilangkan fakta bahwa penggemar masih menginginkan jawaban. Dari sekian banyak misteri yang belum terungkap, berikut adalah lima di antaranya.