Sebagai penutup, majelis khataman biasanya ditutup dengan doa khatmul Qur’an. Doa ini dibaca setelah seluruh rangkaian bacaan selesai. Membaca doa setelah khatam termasuk amalan yang sangat dianjurkan karena dianggap sebagai waktu yang baik untuk berdoa.
Isi doa khatam Al-Qur’an berisi permohonan kepada Allah agar Al-Qur’an menjadi petunjuk, cahaya, dan rahmat bagi kehidupan. Selain itu, doa tersebut juga memohon agar bacaan diterima, diberi keberkahan, serta menjadi penolong dan pembela bagi pembacanya di dunia maupun di akhirat.
Doa khatam biasanya dibaca bersama oleh seluruh jamaah dan dipimpin oleh kiai, imam, atau tokoh yang memimpin majelis. Dengan doa ini, rangkaian khataman Al-Qur’an ditutup secara khidmat sekaligus menjadi harapan agar umat Islam senantiasa dekat dengan Al-Qur’an.