Sumber Foto: (instagram.com/@fajarrizaulhaq)
Fajar menempuh pendidikan tinggi di Fakultas Agama Islam Universitas Muhammadiyah Surakarta (UMS) sambil menjalani pendidikan sebagai santri di Pondok Muhammadiyah Hajjah Nuriyah Shabran. Ia berhasil meraih gelar sarjana dari UMS pada 2002.
Fajar melanjutkan studinya di Center for Religious and Cross Cultural Studies di Universitas Gadjah Mada (UGM) Yogyakarta, dan lulus pada 2006. Fajar kemudian mengambil program doktoral di UGM dan berhasil menyelesaikannya pada 2024.
Pada 2009, Fajar berpartisipasi dalam Chevening Fellowship di Universitas Birmingham, Britania Raya. Ia juga mendapatkan kesempatan mengikuti berbagai program, termasuk The 17 New Generation Seminar, the East West Centre, Hawai (2007), Facilitation of Dialogue Process and Mediation Efforts, Folke Bernadotte Academy, Swedia (2007), dan Program Australia-Indonesia Young Muslim Leaders Exchange (2005).
Selama studinya di UMS, Fajar aktif di Pusat Studi Budaya dan Perubahan Sosial (PSBPS) UMS, di mana ia menjabat sebagai Liaison Program Officer. Ia juga terlibat dalam Ikatan Mahasiswa Muhammadiyah (IMM), di mana ia pernah menjabat sebagai Ketua PC IMM Sukoharjo, DPD IMM Jawa Tengah, dan Dewan Pimpinan Pusat IMM, serta menjadi sekretaris bidang Hikmah PP Pemuda Muhammadiyah. Fajar kemudian diangkat sebagai Direktur Eksekutif Maarif Institute di Jakarta.