Karena sindrom Antley-Bixler dapat mempengaruhi berbagai area tubuh, pengobatan paling baik dilakukan dengan pendekatan berbagai tim multidisiplin, seperti ahli bedah kraniofasial (tengkorak dan wajah), ahli bedah saraf (otak), ahli bedah tangan, dokter spesialis mata, ahli bedah telinga, hidung, dan tenggorokan (THT), audiolog (spesialis pendengaran), dokter gigi dan ortodontis, ahli genetika, psikolog, terapis wicara dan bahasa, dan spesialis lainnya sesuai kondisi dan kebutuhan.
Tergantung tingkat keparahan fusi tengkorak, pengobatan segera setelah lahir mungkin diperlukan jika tekanan di dalam otak meningkat atau bayi mengalami masalah pernapasan parah.
Anak-anak akan dipantau secara teratur sehingga setiap masalah dapat diidentifikasi dengan cepat, sehingga pengobatan bisa segera diberikan. Dalam beberapa kasus, operasi pembentukan ulang tengkorak awal dilakukan dalam beberapa tahun pertama kehidupan. Ini akan melibatkan pemotongan sutura yang menyatu di tengkorak dan membentuknya kembali untuk memberikan bentuk tengkorak yang lebih normal.
Pembedahan lebih lanjut untuk memperbaiki masalah wajah bagian tengah dapat dilakukan pada akhir masa kanak-kanak, paling sering menggunakan kerangka rigid external distraction untuk secara bertahap menarik tulang yang terdampak ke depan selama beberapa minggu hingga bulan.
Malformasi Chiari, jika ada, dapat diobati dengan memperlebar bukaan di dasar tengkorak. Perawatan ortodontik menggunakan kawat gigi akan disarankan untuk memperbaiki gigi berjejal (overcrowding) dan kemampuan bicara.
Kecuali ada masalah fungsional yang parah, sendi siku yang menyatu biasanya tidak diperbaiki karena kebanyakan anak menemukan cara untuk menyesuaikan diri dalam melakukan tugas sehari-hari. Dukungan dan bimbingan dari terapis okupasi dan fisioterapis akan sangat membantu, seperti juga adaptasi dan peralatan khusus untuk membantu tugas-tugas tertentu.
Karena tulang terus tumbuh selama masa kanak-kanak dan remaja, pembedahan lebih lanjut mungkin diperlukan untuk membuat koreksi kecil pada bentuk tengkorak dan area wajah tengah.
Prospek untuk anak-anak yang terlahir dengan sindrom Antley-Bixler bervariasi, tergantung tingkat keparahan gejala dan dampaknya terhadap fungsi tubuh. Anak akan perlu pemantauan jangka panjang, terutama selama periode pertumbuhan pada masa kanak-kanak dan remaja. Namun, pembedahan cenderung selesai saat anak berusia pertengahan dua puluhan. Beberapa anak dan anggota keluarga bisa mendapat manfaat dari terapi psikologis pada berbagai tahap selama masa kanak-kanak dan remaja.