Pendaftaran PBPU Pemda dilakukan oleh pemda kabupaten/kota setempat. Pemda akan mendata warga yang dianggap memenuhi syarat peserta PBPU Pemda, seperti memiliki Kartu Tanda Penduduk (KTP) dan kartu keluarga daerah setempat; terdaftar dalam DTKS daerah atau warga binaan sosial, pemasyarakatan atau orang terlantar; serta bersedia masuk kategori kelas 3.
Selanjutnya, mereka akan didaftarkan sesuai perjanjian kerja sama antara pemerintah daerah dan BPJS Kesehatan.
Adapun menurut Buku Panduan Layanan bagi Peserta BPJS Kesehatan, masyarakat yang ingin menjadi peserta PBPU secara kolektif bisa mengisi dan menyerahkan formulir daftar isian peserta serta melampirkan pas foto berwarna terbaru ukuran 3 cm x 4 cm masing-masing satu lembar. Adapun pendaftaran secara berkelompok kolektif disampaikan dalam bentuk format data yang disepakati.
Sementara jika pendaftaran dilakukan secara perorangan, maka harus mengisi Formulir Daftar Isian Peserta (FDIP) serta melampirkan pas foto terbaru masing-masing satu lembar ukuran 3 cm x 4 cm, kecuali bagi anak usia balita, serta menunjukkan/memperlihatkan dokumen:
- Asli/fotokopi Kartu Keluarga dan KTP (diutamakan KTP elektronik)
- Fotokopi surat nikah
- Fotokopi akte kelahiran anak/surat keterangan lahir yang menjadi tanggungan.
- Bagi WNA menunjukan Kartu Ijin Tinggal Sementara/Tetap (KITAS/KITAP).