Nayib Bukele dengan tiga saudaranya. (twitter.com/_NOALCOMUNISMO)
Dikutip dari El Faro, Bukele adalah anak seorang pengusaha bernama Armando Bukele Kattán dan Olga Ortez de Bukele. Ia diketahui memiliki keturunan Palestina Nasrani dari kakeknya bernama Humberto Bukele Salmán, yang melakukan emigrasi ke El Salvador bersama saudaranya, Jorge dan Taufick di tahun 1921.
Kakeknya, Bukele Salman, menikahi Victoria Kattan dan memiliki lima anak bernama Mario Humberto Bukele Kattán (1942), Armando Bukele Kattán (1944), Norma Victoria Bukele Kattán (1949), Mary Nelly Bukele Kattán and Humberto Bukele Kattan.
Setelah kakek Bukele meninggal, praktis dua anak tertua di keluarganya yang mengontrol perusahaan keluarganya, Sociedad Colectiva Mercantil H. Bukele e Hijos y Compañía. Pada 1980-an, mereka telah meregistrasi perusahaannya di bea cukai untuk dapat mengimpor baju, piyama, dan pakaian dalam.
Latar belakang keluarga Bukele yang berasal dari pengusaha sukses membuatnya memiliki akses untuk menjadi politisi di El Salvador. Meskipun, seluruh keluarganya tidak ada yang pernah menduduki jabatan di pemerintahan.
Sementara itu, Bukele memiliki sembilan saudara kandung. Ia memiliki lima saudara laki-laki dan empat perempuan. Namun, ia cenderung dekat dengan tiga saudara kandungnya yang bernama Karim, Ibrajim and Yusef Bukele Ortez, disebut juga sebagai kepercayaan Bukele.
Pemimpin yang diketahui memiliki barang mewah dan mahal itu tidak pernah mengungkapkan kepada publik terkait agamanya. Namun, ia hanya mengatakan jika percaya kepada Tuhan. Meskipun, ayahnya menganut agama Islam dan merupakan seorang imam masjid, dilansir dari El Pais.