Step kedua dari siklus hidrogen yakni nitrifikasi. Pada tahapan ini, amonia yang telah dihasilkan sebelumnya akan diubah menjadi nitrat. Bakteri nitrifikasi (bakteri yang mampu menyusun nitrat dari amonia secara aerob di bawah tanah) berperan penting dalam tahap nitrifikasi.
Dilansir nature.com, nitrifikasi sejatinya terdiri dari dua proses besar. Pertama, nitritasi yakni oksidasi amonia menjadi nitrit yang dilakukan oleh kelompok bakteri genus Nitrosomonas, Nitrosospira, dan Nitrosococcus; serta Archaea bernama Nitrosopumilus maritimus. Proses ini mengandalkan enzim amonia monooksigenase dan hidroksilamin oksidoreduktase.
NH3 + O2 + 2e- ---> NH2OH + H2O ---> NO2- + 5H+ + 4e-
Kedua, merupakan nitratasi yang merupakan proses oksidasi senyawa nitrit menjadi nitrat oleh bakteri. Berbeda dengan nitritasi, nitratasi dilakukan oleh bakteri genus Nitrospira, Nitrobacter, Nitrococcus, dan Nitrospina.
NO2– + 0.5 O2 ---> NO3–
Nah, proses nitrifikasi telah mengubah bentuk nitrogen yang ditangkap bakteri menjadi nitrat. Nitrogen yang telah berubah bentuk kimiawi ini nantinya bisa diserap oleh tanaman.