HPV dapat berada di tubuh tanpa menimbulkan gejala. Kutil baru mungkin terlihat beberapa bulan atau bahkan bertahun-tahun setelah seseorang tertular. Karena itu, munculnya kutil sekarang tidak otomatis berarti penularan baru saja terjadi.
Pasangan seksual juga cenderung berbagi HPV meskipun kutil hanya terlihat pada salah satu orang, atau tidak terlihat pada keduanya.
Penelitian terhadap pasangan heteroseksual yang baru menjalin hubungan menemukan bahwa penularan HPV genital dapat berlangsung dari laki-laki ke perempuan maupun sebaliknya, dengan laju yang hampir serupa. Temuan tersebut tidak menentukan siapa yang menularkan HPV.
Ketidakpastian ini dapat menjadi beban tersendiri. Dalam sebuah studi kualitatif kecil, peserta dengan kutil kelamin melaporkan rasa malu, kekhawatiran tentang perselingkuhan, serta terganggunya hubungan seksual dan emosional. Studi tersebut hanya melibatkan 10 orang, sehingga tidak menggambarkan pengalaman semua pasien. Namun, hasilnya menunjukkan pentingnya informasi yang benar dan percakapan tanpa saling menuduh.